Difference between revisions of "2022 Denovo tutorial 3 with PDBID 1X70"

From Rizzo_Lab
Jump to: navigation, search
(System Preparation)
(System Preparation)
Line 8: Line 8:
 
   mkdir 09.focus_dn
 
   mkdir 09.focus_dn
  
Now inside 09.focus_dn, make the following DOCK6 input file:
+
Now inside 09.focus_dn, make the following DOCK6 input file: "fraglib.in"
  
 +
  conformer_search_type                                        flex
 +
  write_fragment_libraries                                    yes
 +
  fragment_library_prefix                                      fraglib
 +
  fragment_library_freq_cutoff                                1
 +
  fragment_library_sort_method                                freq
 +
  fragment_library_trans_origin                                no
 +
  use_internal_energy                                          yes
 +
  internal_energy_rep_exp                                      12
 +
  internal_energy_cutoff                                      100.0
 +
  ligand_atom_file                                            ../01.structures/715.mol2
 +
  limit_max_ligands                                            no
 +
  skip_molecule                                                no
 +
  read_mol_solvation                                          no
 +
  calculate_rmsd                                              no
 +
  use_database_filter                                          no
 +
  orient_ligand                                                yes
 +
  automated_matching                                          yes
 +
  receptor_site_file                                          ../02.spheres/selected_spheres.sph
 +
  max_orientations                                            1000
 +
  critical_points                                              no
 +
  chemical_matching                                            no
 +
  use_ligand_spheres                                          no
 +
  bump_filter                                                  no
 +
  score_molecules                                              no
 +
  atom_model                                                  all
 +
  vdw_defn_file                                                /gpfs/projects/AMS536/zzz.programs/dock6.9_release/parameters/vdw_AMBER_parm99.defn
 +
  flex_defn_file                                              /gpfs/projects/AMS536/zzz.programs/dock6.9_release/parameters/flex.defn
 +
  flex_drive_file                                              /gpfs/projects/AMS536/zzz.programs/dock6.9_release/parameters/flex_drive.tbl
 +
  ligand_outfile_prefix                                        fragment.out
 +
  write_orientations                                          no
 +
  num_scored_conformers                                        1
 +
  rank_ligands                                                no
  
 +
  dock6 -i fraglib.in -o fraglib.out
 +
 +
You should end up with 5 different files:
 +
 +
  "fraglib_rigid.mol2  fraglib_scaffold.mol2  fraglib_sidechain.mol2  fraglib_torenv.dat fraglib_linker.mol2"
 +
 +
Each file contains fragments defined by the number of places they were cut at during fragment generation.
  
 
Now load up Chimera:
 
Now load up Chimera:
Line 27: Line 66:
  
 
[[File:715_frags.png|thumb|center|800px|All of the fragments from 715 loaded in (bottom, sea blue) and 715.mol2 (top) ]]
 
[[File:715_frags.png|thumb|center|800px|All of the fragments from 715 loaded in (bottom, sea blue) and 715.mol2 (top) ]]
 +
 +
==Focused Growth==
 +
 +
Make the following dock6 input file: "focus.in"
 +
 +
  conformer_search_type                                        denovo
 +
  dn_fraglib_scaffold_file                                    fraglib_scaffold.mol2
 +
  dn_fraglib_linker_file                                      fraglib_linker.mol2
 +
  dn_fraglib_sidechain_file                                    fraglib_sidechain.mol2
 +
  dn_user_specified_anchor                                    no
 +
  dn_use_torenv_table                                          yes
 +
  dn_torenv_table                                              fraglib_torenv.dat
 +
  dn_sampling_method                                          graph
 +
  dn_graph_max_picks                                          30
 +
  dn_graph_breadth                                            3
 +
  dn_graph_depth                                              2
 +
  dn_graph_temperature                                        100.0
 +
  dn_pruning_conformer_score_cutoff                            100.0
 +
  dn_pruning_conformer_score_scaling_factor                    1.0
 +
  dn_pruning_clustering_cutoff                                100.0
 +
  dn_constraint_mol_wt                                        550.0
 +
  dn_constraint_rot_bon                                        15
 +
  dn_constraint_formal_charge                                  2.0
 +
  dn_heur_unmatched_num                                        1
 +
  dn_heur_matched_rmsd                                        2.0
 +
  dn_unique_anchors                                            4
 +
  dn_max_grow_layers                                          9
 +
  dn_max_root_size                                            25
 +
  dn_max_layer_size                                            25
 +
  dn_max_current_aps                                          5
 +
  dn_max_scaffolds_per_layer                                  1
 +
  dn_write_checkpoints                                        yes
 +
  dn_write_prune_dump                                          no
 +
  dn_write_orients                                            yes
 +
  dn_write_growth_trees                                        yes
 +
  dn_output_prefix                                            dn_focus.out
 +
  use_internal_energy                                          yes
 +
  internal_energy_rep_exp                                      12
 +
  internal_energy_cutoff                                      100.0
 +
  use_database_filter                                          no
 +
  orient_ligand                                                yes
 +
  automated_matching                                          yes
 +
  receptor_site_file                                          ../02.spheres/selected_spheres.sph
 +
  max_orientations                                            1000
 +
  critical_points                                              no
 +
  chemical_matching                                            no
 +
  use_ligand_spheres                                          no
 +
  bump_filter                                                  no
 +
  score_molecules                                              yes
 +
  contact_score_primary                                        no
 +
  contact_score_secondary                                      no
 +
  grid_score_primary                                          yes
 +
  grid_score_secondary                                        no
 +
  grid_score_rep_rad_scale                                    1
 +
  grid_score_vdw_scale                                        1
 +
  grid_score_es_scale                                          1
 +
  grid_score_grid_prefix                                      ../03.grid/grid
 +
  multigrid_score_secondary                                    no
 +
  dock3.5_score_secondary                                      no
 +
  continuous_score_secondary                                  no
 +
  footprint_similarity_score_secondary                        no
 +
  pharmacophore_score_secondary                                no
 +
  descriptor_score_secondary                                  no
 +
  gbsa_zou_score_secondary                                    no
 +
  gbsa_hawkins_score_secondary                                no
 +
  SASA_score_secondary                                        no
 +
  amber_score_secondary                                        no
 +
  minimize_ligand                                              yes
 +
  minimize_anchor                                              yes
 +
  minimize_flexible_growth                                    yes
 +
  use_advanced_simplex_parameters                              no
 +
  simplex_max_cycles                                          1
 +
  simplex_score_converge                                      0.1
 +
  simplex_cycle_converge                                      1.0
 +
  simplex_trans_step                                          1.0
 +
  simplex_rot_step                                            0.1
 +
  simplex_tors_step                                            10.0
 +
  simplex_anchor_max_iterations                                500
 +
  simplex_grow_max_iterations                                  500
 +
  simplex_grow_tors_premin_iterations                          0
 +
  simplex_random_seed                                          0
 +
  simplex_restraint_min                                        no
 +
  atom_model                                                  all
 +
  vdw_defn_file                                                /gpfs/projects/AMS536/zzz.programs/dock6.9_release/parameters/vdw_AMBER_parm99.defn
 +
  flex_defn_file                                              /gpfs/projects/AMS536/zzz.programs/dock6.9_release/parameters/vdw_de_novo.defn
 +
  flex_drive_file                                              /gpfs/projects/AMS536/zzz.programs/dock6.9_release/parameters/flex_drive.tbl
 +
 +
  dock6 -i focus.in -o focus.out

Revision as of 12:46, 20 March 2022

System Preparation

Directory Setup

ATTENTION: This tutorial requires you to have first completed the 2022 1X70 VS tutorial: https://ringo.ams.stonybrook.edu/index.php/2022_DOCK_tutorial_3_with_PDBID_1X70

Make a new directory:

 mkdir 09.focus_dn

Now inside 09.focus_dn, make the following DOCK6 input file: "fraglib.in"

 conformer_search_type                                        flex
 write_fragment_libraries                                     yes
 fragment_library_prefix                                      fraglib
 fragment_library_freq_cutoff                                 1
 fragment_library_sort_method                                 freq
 fragment_library_trans_origin                                no
 use_internal_energy                                          yes
 internal_energy_rep_exp                                      12
 internal_energy_cutoff                                       100.0
 ligand_atom_file                                             ../01.structures/715.mol2
 limit_max_ligands                                            no
 skip_molecule                                                no
 read_mol_solvation                                           no
 calculate_rmsd                                               no
 use_database_filter                                          no
 orient_ligand                                                yes
 automated_matching                                           yes
 receptor_site_file                                           ../02.spheres/selected_spheres.sph
 max_orientations                                             1000
 critical_points                                              no
 chemical_matching                                            no
 use_ligand_spheres                                           no
 bump_filter                                                  no
 score_molecules                                              no
 atom_model                                                   all
 vdw_defn_file                                                /gpfs/projects/AMS536/zzz.programs/dock6.9_release/parameters/vdw_AMBER_parm99.defn
 flex_defn_file                                               /gpfs/projects/AMS536/zzz.programs/dock6.9_release/parameters/flex.defn
 flex_drive_file                                              /gpfs/projects/AMS536/zzz.programs/dock6.9_release/parameters/flex_drive.tbl
 ligand_outfile_prefix                                        fragment.out
 write_orientations                                           no
 num_scored_conformers                                        1
 rank_ligands                                                 no
 dock6 -i fraglib.in -o fraglib.out

You should end up with 5 different files:

 "fraglib_rigid.mol2  fraglib_scaffold.mol2  fraglib_sidechain.mol2  fraglib_torenv.dat fraglib_linker.mol2"

Each file contains fragments defined by the number of places they were cut at during fragment generation.

Now load up Chimera:

 Tools > Binding/Surface Analysis > View Dock > Load fraglib_linker.mol2


All of the linkers from fraglib_linker.mol2, fragments with 2 non-Hydrogen rotatable bonds in 715
 Load fraglib_sidechain.mol2
All of the sidechains from fraglib_sidechain.mol2, fragments with 1 non-Hydrogen rotatable bonds in 715
 Load both 
All of the fragments from 715 loaded in (bottom, sea blue) and 715.mol2 (top)

Focused Growth

Make the following dock6 input file: "focus.in"

 conformer_search_type                                        denovo
 dn_fraglib_scaffold_file                                     fraglib_scaffold.mol2
 dn_fraglib_linker_file                                       fraglib_linker.mol2
 dn_fraglib_sidechain_file                                    fraglib_sidechain.mol2
 dn_user_specified_anchor                                     no
 dn_use_torenv_table                                          yes
 dn_torenv_table                                              fraglib_torenv.dat
 dn_sampling_method                                           graph
 dn_graph_max_picks                                           30
 dn_graph_breadth                                             3
 dn_graph_depth                                               2
 dn_graph_temperature                                         100.0
 dn_pruning_conformer_score_cutoff                            100.0
 dn_pruning_conformer_score_scaling_factor                    1.0
 dn_pruning_clustering_cutoff                                 100.0
 dn_constraint_mol_wt                                         550.0
 dn_constraint_rot_bon                                        15
 dn_constraint_formal_charge                                  2.0
 dn_heur_unmatched_num                                        1
 dn_heur_matched_rmsd                                         2.0
 dn_unique_anchors                                            4
 dn_max_grow_layers                                           9
 dn_max_root_size                                             25
 dn_max_layer_size                                            25
 dn_max_current_aps                                           5
 dn_max_scaffolds_per_layer                                   1
 dn_write_checkpoints                                         yes
 dn_write_prune_dump                                          no
 dn_write_orients                                             yes
 dn_write_growth_trees                                        yes
 dn_output_prefix                                             dn_focus.out
 use_internal_energy                                          yes
 internal_energy_rep_exp                                      12
 internal_energy_cutoff                                       100.0
 use_database_filter                                          no
 orient_ligand                                                yes
 automated_matching                                           yes
 receptor_site_file                                           ../02.spheres/selected_spheres.sph
 max_orientations                                             1000
 critical_points                                              no
 chemical_matching                                            no
 use_ligand_spheres                                           no
 bump_filter                                                  no
 score_molecules                                              yes
 contact_score_primary                                        no
 contact_score_secondary                                      no
 grid_score_primary                                           yes
 grid_score_secondary                                         no
 grid_score_rep_rad_scale                                     1
 grid_score_vdw_scale                                         1
 grid_score_es_scale                                          1
 grid_score_grid_prefix                                       ../03.grid/grid
 multigrid_score_secondary                                    no
 dock3.5_score_secondary                                      no
 continuous_score_secondary                                   no
 footprint_similarity_score_secondary                         no
 pharmacophore_score_secondary                                no
 descriptor_score_secondary                                   no
 gbsa_zou_score_secondary                                     no
 gbsa_hawkins_score_secondary                                 no
 SASA_score_secondary                                         no
 amber_score_secondary                                        no
 minimize_ligand                                              yes
 minimize_anchor                                              yes
 minimize_flexible_growth                                     yes
 use_advanced_simplex_parameters                              no
 simplex_max_cycles                                           1
 simplex_score_converge                                       0.1
 simplex_cycle_converge                                       1.0
 simplex_trans_step                                           1.0
 simplex_rot_step                                             0.1
 simplex_tors_step                                            10.0
 simplex_anchor_max_iterations                                500
 simplex_grow_max_iterations                                  500
 simplex_grow_tors_premin_iterations                          0
 simplex_random_seed                                          0
 simplex_restraint_min                                        no
 atom_model                                                   all
 vdw_defn_file                                                /gpfs/projects/AMS536/zzz.programs/dock6.9_release/parameters/vdw_AMBER_parm99.defn
 flex_defn_file                                               /gpfs/projects/AMS536/zzz.programs/dock6.9_release/parameters/vdw_de_novo.defn
 flex_drive_file                                              /gpfs/projects/AMS536/zzz.programs/dock6.9_release/parameters/flex_drive.tbl
 dock6 -i focus.in -o focus.out