Uncategorized files

Jump to: navigation, search

Showing below up to 250 results in range #1 to #250.

View (previous 250) (next 250) (20 | 50 | 100 | 250 | 500).

-home-user-Documents-AMS 536 AR-1S19-004.dock-1S19 fixed-1S19 docking fixed.jpg 299 KB
-home-user-Documents-AMS 536 AR-1S19-004.dock-1S19 rigid-1S19 ligand rigid.jpg 294 KB
002.png 22 KB
003.png 23 KB
005.png 14 KB
006.png 14 KB
007.png 11 KB
008.png 11 KB
009.png 12 KB
01 minimized lig.png 1.09 MB
02 rigid bestscore.png 1.19 MB
03 flex bestscore.png 1.24 MB
04 fad bestscore.png 957 KB
1.png 18 KB
111.png 22 KB
1BJU.multigridmin.png 25 KB
1DF8.dockprep.barbarav.png 472 KB
1DF8.pdb.gz 49 KB
1DF8 box.png 141 KB
1F8B-ligand.jpg 28 KB
1F8B select ligand.png 84 KB
1HVR.rmsd.CA.jpg 51 KB
1HVR flexible dock best.png 470 KB
1HVR flexible dock worst.png 470 KB
1HVR receptor surface 2014.png 569 KB
1HW9.png 1.06 MB
1HW9Rec.png 762 KB
1HW9ligiso.png 163 KB
1LOQ.PNG 44 KB
1Q4X ligand enrichment DOCK6.9.png 33 KB
1S19 flex.jpg 257 KB
1S19 virtualscreen out.jpg 51 KB
1X70 715.png 160 KB
1X70 715 complexed.png 625 KB
1X70 715 no H.png 125 KB
1X70 bmp.png 555 KB
1X70 dock prep.png 438 KB
1X70 fetched.png 915 KB
1X70 focus dn.png 275 KB
1X70 focus dn pose.png 103 KB
1X70 grid nrg.png 793 KB
1X70 lig minimized.png 214 KB
1X70 linkers.png 64 KB
1X70 min fp.png 153 KB
1X70 multiple occupancy.png 19 KB
1X70 noH.png 621 KB
1X70 sel spheres.png 578 KB
1X70 sidechains.png 74 KB
1X70 spheres.png 395 KB
1X70 surface.png 223 KB
1c87 fad.png 958 KB
1c87 flex.png 890 KB
1eftVScomparison.PNG 723 KB
1efyBuildStructure.PNG 25 KB
1efy add hydrogens.png 37 KB
1efy box.png 141 KB
1efy deleted residues.png 283 KB
1efy ligand noH.png 48 KB
1efy rigid.png 739 KB
1efy spheres.png 141 KB
1efy surface.png 403 KB
1efy wspheres.png 281 KB
1efyfixedanchor.PNG 678 KB
1efyflex.PNG 690 KB
1efyfootprint.PNG 268 KB
1efyligandwH.PNG 199 KB
1hw9e.png 954 KB
1hw9ele.png 94 KB
1hw9h.png 200 KB
1hw9min.png 299 KB
1hw9rig.png 366 KB
1hw9sel.png 519 KB
1hw9sp.png 741 KB
1hw9surface.png 611 KB
1hw9van.png 115 KB
1lah.complex.png 418 KB
1lah.dms.png 450 KB
1lah.ensemble.of.flex.docked.poses.png 129 KB
1lah.ensemble.of.rigid.docked.poses.png 173 KB
1lah.selected spheres.png 101 KB
1lah.surface.withspheres.png 254 KB
1s19 footprint.png 99 KB
1s19 hbonds1.png 180 KB
1s19 hbonds2.png 181 KB
1s19 lig dock.png 81 KB
1s19 lig woH.png 51 KB
1s19 minimized.png 28 KB
1s19 rmsd.png 41 KB
1s19 selected pheres.png 171 KB
1s19 spheres.png 188 KB
1s19 surface.png 271 KB
1s19 unedited.jpg 237 KB
1s19 viewdock.png 31 KB
1s19 virtualscreen.png 241 KB
1xbb.ribbon.png 220 KB
2.png 13 KB
2008.ams535.class.picture.jpg 65 KB
2009.ams535.class.picture.jpg 185 KB
2010.ams535.class.picture.jpg 186 KB
2012 AMBER MMGBSA plot.jpg 639 KB
2012 AMBER RMSD plot.jpg 799 KB
2012 AMBER Tutorial 1DF8 ligand gas.jpg 13 KB
2012 AMBER Tutorial 1DF8 ligand water.jpg 66 KB
2012 AMBER Tutorial 1DF8 ligand water noH.jpg 24 KB
2012 AMBER hbond plot.jpg 579 KB
2012 DOCK Tutorial 1DF8 dms.png 50 KB
2012 DOCK Tutorial 1DF8 spheres.png 221 KB
2012 DOCK Tutorial 1DF8 surface.png 172 KB
2012 DOCK Tutorial 1DF8 surface spheres 10 angstroms.png 165 KB
2012 DOCK Tutorial 1DF8 surface spheres 6 angstroms.png 154 KB
2012 Dock Tutorial Footprints 1.png 44 KB
2012 Dock Tutorial Footprints 2.png 43 KB
2013 AMS535 graphic.png 115 KB
2014 1HVR receptor surface.png 159 KB
2016 1BJU receptor surface.png 524 KB
2017 3pgl receptor surface.png 1.14 MB
20190304 FA docking figure 2.jpg 711 KB
20190304 crystal and energy minimised ligand figure for wiki.jpg 693 KB
20190304 rigid docking figure.jpg 710 KB
20190304 true FA docking figure 2.jpg 705 KB
2BXF faddocking.jpg 340 KB
2BXF flexibledocking.jpg 336 KB
2BXF receptor and selected spheres.jpg 373 KB
2BXF rigiddocking.jpg 337 KB
2BXF sphere.jpg 321 KB
2GQG original.png 335 KB
2NNQ lig wH charged.PNG 121 KB
2nd best rigiddock.png 106 KB
2nnq Flex.png 295 KB
2nnq Rigid.png 368 KB
2nnq all.png 391 KB
2nnq ixed.png 327 KB
2nnq min lig.png 323 KB
2nnq selected.png 321 KB
2nnqfootprint.png 152 KB
2p16 fixed.png 1.81 MB
2p16 fixed 2.png 255 KB
2p16 flex.png 1.39 MB
2p16 flex 2.png 181 KB
2p16 frag linker.png 78 KB
2p16 frag scaffold.png 189 KB
2p16 frag sidechain.png 86 KB
2p16 rigid.png 1.51 MB
2p16 rigid 2.png 1.29 MB
2p16 rigid 2 2.png 237 KB
2p16 rigid 3.png 1.29 MB
2zd1 rec ligand.png 480 KB
3.png 39 KB
350KHbond.bmp 719 KB
350KRMSD.bmp 719 KB
3VJK FAD.png 1.67 MB
3VJK FLEXIBLE.png 1.71 MB
3jqz good bad protonation.png 290 KB
3jqz protonated correctly.png 365 KB
3jqz protonated incorrectly.png 391 KB
3pgl all spheres.png 743 KB
3pgl selected spheres.png 744 KB
3vjk mpi minimized.png 1.66 MB
3vjk pdb.png 1.87 MB
3vjk protein.png 894 KB
3vjk solvated wet8.jpg 233 KB
3vjk wet 10.jpg 851 KB
3vjkfootprint.png 44 KB
4.png 46 KB
4F4P.png 185 KB
4ZUD highestFPscore denovo molecule.png 32 KB
4ZUD highestFPscore denovo molecule new.png 46 KB
4ZUD lowestFPscore denovo molecule.png 52 KB
4ZUD lowestFPscore denovo molecule new(1).png 39 KB
4ZUD minimized lig(1).png 67 KB
4ZUD minimized lig & fad new.png 112 KB
4ZUD minimized lig & flex new.png 120 KB
4ZUD minimized lig & rigid new(1).png 102 KB
4ZUD minimized lig outline & linkers.png 64 KB
4ZUD minimized lig outline & scaffold(1).png 58 KB
4ZUD minimized lig outline & sidechains.png 62 KB
4f4p.png 627 KB
4f4p fragments.png 428 KB
4f4p lig h ams 536.png 434 KB
4f4p lig noh.png 136 KB
4f4p rec noh.png 596 KB
4f4p rec noh selected sphere box.png 872 KB
4f4p rec noh surf.png 612 KB
4f4pfocus.png 646 KB
4f4pre.png 576 KB
4f4precnohsph.png 617 KB
4qmz multigrid min.png 87 KB
4qmz spheres.png 549 KB
4qmz w prim res.png 183 KB
4qmz w prim res2.png 178 KB
4qmz w prim res3.png 180 KB
4qmz w prim res4.png 170 KB
4tkg.rec allsph.png 107 KB
4tkg.rec allsph selectsphere.png 98 KB
4tkg.rec selectedsph.png 98 KB
4zud minimized ligand and FAD pose.png 234 KB
4zud minimized ligand and flex pose.png 261 KB
4zud minimized ligand and rigid pose(1).png 216 KB
4zud pdb.png 501 KB
4zud pdb mutated I53A (1).png 209 KB
4zud pdb mutated back to A53I new.png 1.15 MB
4zud protein dockprep panel1.png 179 KB
4zud protein dockprep panel2.png 99 KB
4zud protein dockprep panel3.png 76 KB
4zud rotamers ILE53 chimera rotamers window.png 271 KB
6ME2.dn2ndscoreligand.png 183 KB
6ME2.dnallligands.png 215 KB
6ME2.topscoreligand.png 182 KB
6UZW Spheres.jpeg 4 KB
6UZW Spheres.png 28 KB
6UZW receptor with the original ligand and the minimized ligand.png 547 KB
715 frags.png 153 KB
AMBER RMSD plot.jpg 179 KB
Afewbubbles.png 789 KB
All Spheres 1BJU.png 611 KB
All sphere surface 2014.png 271 KB
All spheres.dock tutorial.2011.png 443 KB
All spheres surface 2014.png 237 KB
Allthebubbles.png 861 KB
Amber10i-1- - Manual.pdf 1,016 KB
AnnealingRMSD.bmp 1.1 MB
AutoDock4 CSV results.png 97 KB
AutoDock Vina 1.png 30 KB
AutoDock Vina 2.png 110 KB
AutoDock Vina Results CSV.PNG 41 KB
Badjev.png 139 KB
Best rigiddock.png 104 KB
Box-sphere.png 178 KB
Box.png 138 KB
Box1.png 195 KB
Boxexample.png 298 KB
Brian.email.png 653 bytes
Brian email.png 7 KB
Bzc wH.png 67 KB
Error creating thumbnail: File with dimensions greater than 12.5 MP

CARBONIC ANHYDRASExtalmin.1000iter-tether10ENERGYbw.png 324 KB
Celgosivir.png 3 KB
ChainA.png 326 KB
Chain A.png 326 KB
Charges to Ligand.PNG 14 KB
Chemical Sampling Method image1.png 244 KB
Chimera001.png 90 KB
Compoud193 footprint.txt.png 184 KB
Compoud221 footprint.txt.png 186 KB
Compound summary pubchem.png 91 KB
Correctly named footprint for wiki figure.jpg 867 KB
Cys73.png 128 KB
DNA.jpg 5 KB
DNA.png 5 KB
DOCK 2nd run result.png 301 KB
DOCK 3rd run result.png 301 KB

View (previous 250) (next 250) (20 | 50 | 100 | 250 | 500).

Retrieved from "https://ringo.ams.stonybrook.edu/index.php/Special:UncategorizedFiles"

Navigation menu