NAMD to mol2
From Rizzo_Lab
################################################## cat <<EOFVMD> vmd.in mol new ${file}_${system}.strip.solv.07md.psf mol addfile ${file}_${system}.strip.solv.07_to_08md.dcd first $count last $count step 1 molid top set rec [atomselect top "chain A B C" ] \$rec writemol2 temp.rec.mol2 quit EOFVMD ######################################################## /home3/bstrockb/vmd.bin/bin/vmd -dispdev text -e vmd.in >> vmd.out